Luthers reformation började inte med ett frontalangrepp mot den katolska kyrkans auktoritet utan han utmanade en tveksam och kontroversiell praxis: säljandet av avlat. Men när Luther försvarade sig kom han in på frågor om auktoritet. För att trovärdigt fortsätta sin kritik behövde han en annan auktoritet än ”kyrkan” och lösningen var "skriften allena", sola scriptura.
Sen medeltiden fanns det en ömsesidighet mellan kyrkan och skriften: Kyrkan bevarade skriften och skriften bekräftade kyrkan.
Reformatorerna bröt mot denna ömsesidighet. De ställde upp Skriften mot kyrkan, som enligt dem bara var ett mänskligt påfund. Skriften kunde alltså användas för att döma över kyrkan och dess praxis.
Det finns flera problem med detta, dock. Det första är att principen "skriften allena" i sig inte går att finna i bibeln. Redan genom att hänvisa till den principen så visar man (underförstått) att skriften inte är allena!
Ett annat problem är att att bibeln kan tolkas på många olika sätt. Något behövs alltså som avgör vad som är Guds Ord och den rätta tolkningen.
För Luther blev Kristus bibelns tolkningsnyckel. Bibeln handlade om hur Gud drog människan till Kristus och sättet som detta skedde var genom rättfärdiggörelsen genom tron allena. Det var genom dessa glasögon som Luther läste bibeln.
Men tar man på sig ett par glasögon när man läser bibeln är den ju inte allena! Istället för dikotomin skriften - kyrkan ställde han upp skriften - principen hur man ska tolka
Även vilka bibelböcker som är Guds ord bestämdes genom dessa principer. Den enskilde bibelbokens värde avgjordes efter hur de drev Kristus. Utifrån det satte Luther frågetecken vid Jakobsbrevet och Uppenbarelseboken, medan Paulus brev värderades högt. Det som kyrkan och kyrkomöten tidigare hade gjort det gjorde nu Luther själv utifrån sina egna fabricerade principer.
Även det faktum att Luther och andra reformatorer skrev mängder med kommentarer till bibelns böcker indikerar att principen sola scriptura inte fungerar, inte på den tiden och inte senare heller. Om det vittnar väl inte minst den protestantiska kyrkohistorien som har bestått av en lång serie av splittringar, allt utifrån hur olika fraktioner har tolkat skriften.