En av de läror som han som muslim reagerade mot var treenighetsläran. Som muslim hade han fått lära sig att det var ett påhitt av de kristna för att få ihop tanken på att Jesus var Gud samtidigt som det ändå bara fanns en Gud. De säger att Gud är både en och tre samtidigt och kallar honom treenig. För en muslim går detta emot vanligt sunt förnuft och utgör en självmotsägelse.
Det som för honom blev en pusselbit till att förstå treenigheten var under en lektion när de fick lära sig om resonansstrukturen i nitratjonen. Nitratjonen består av en kväveatom och 3 stycken syreatomer och sammanlagt 24 elektroner binder dem samman. Kväveatomen placerar man i mitten och de tre syreatomerna omkring den. Mellan kvävet och syret får man enkelbindningar utom vid ett ställe där det blir en dubbelbindning. Men här kommer man till det intressanta: dubbelbindningen kan vara vid vilken syreatom som helst. Den aktuella strukturen som nitratjonen får är i praktiken en kombination av tre möjliga strukturer, en resonansstruktur. Det finns egentligen inga enkla och dubbelbindningar, alla är en och en tredjedelsbindning. En molekyl med resonans utgör alltid alla sina molekyler, samtidigt som den ändå inte är någon av dem.
För Nabeel blev detta en aha-upplevelse. Här fanns ju på svart och vitt att något mycket väl kan vara en och tre samtidigt. Och om det nu finns saker i den här världen som kan vara en och tre samtidigt, även om det inte går att begripa, varför skulle inte Gud kunna vara detta?
Det är fascinerande hur mycket det finns i naturen som pekar mot Gud, ända ner till tillvarons minsta beståndsdelar. Skapelsen är en reflektion av Skaparen, vi kan sluta oss till, inte bara att det måste finnas en skapare utan också om vem denne är.